助成金は消費税分の返還義務がある？助成金の会計処理の注意点

助成金とは、国や地方公共団体などが、会社や個人事業主が一定の取り組みに使用した経費などを補てんするために、支給する金銭のことです。助成金は、融資と違って返還する必要はありません。

助成金の対象となる経費は、助成金の種類で異なります。雇用を促進するための助成金であれば、人件費が主たる経費であり、新しい製品の開発を応援するものであれば、設備の導入費、外部への委託費など幅広い経費が対象になります。

これら助成金の支払い対象となった経費は、法人税の計算上は損金に算入されます。

助成金は、企業が一定の取り組みのために支出した経費の一部を、後払いで支給する仕組みです。助成金を受け取るためには申請が必要となりますが、申請から支給までのスケジュールや必要書類などは、助成金ごとによく確認する必要があります。

助成金の受給申請を行う前に、特に注意して確認しておくべきポイントは、「いつ」の取り組みが助成金の対象となるかです。

たとえば、厚労省の「雇用調整助成金」では、経営悪化などによって従業員の休業といった雇用調整を行った際に、助成金を受け取ることができます。この助成金は、原則、従業員が休業を始める前に休業計画届などの書類を提出し、雇用調整を実施した後に支給の申請を行います。

これに対し、東京都の「創業助成金」では、まず助成金の受給申請を行い、交付決定後の助成対象期間中に支出した経費が助成金の対象となります。申請より前に行った取り組みについては、助成金の支給対象にはなりません。

利用したい助成金があれば、まずは資料を確認して、申請・支給の全体スケジュールを必ず把握しましょう。

助成金の会計処理を進める場合は、助成金の対象経費を支出したときの処理と、助成金を受け取ったときの処理に分けて考える必要があります。

助成金の対象経費の会計処理
助成金の対象となる経費は、その助成事業のために使用された経費しか認められません。

例えば、助成金の対象経費の中に「出張旅費」があったとしても、助成事業のものとは無関係な出張であれば、経費として処理できないということです。そのため助成金の会計処理は、助成事業以外の経費と区別して行うことが必要です。

また、助成事業と別の事業の二つを目的とした出張であれば、助成金の対象になる部分を合理的な方法で按分して計上しなければなりません。

助成金を受け取ったときの会計処理
助成金を受け取ったときの会計処理は、収入として計上する必要があります。損益計算書上の表示が「営業外収益」であるとすれば、使用する勘定科目は「雑収入」がよいでしょう。

助成金の受け取りは頻繁にあるものではないため、独自の勘定科目を設定しても問題ありません。なお、助成金を固定資産の購入に充当する場合は、圧縮記帳を行うこともできます。

助成金には法人税が課せられますが、助成金を受け取った事業年度にその全額を法人税の課税対象にしてしまうと、実際に使える額が減ってしまいます。そうすると、固定資産の購入に支障をきたすことが考えられます。

これを避けるため、圧縮記帳によって助成金の額を圧縮し、課税の時期を翌期以降に繰り延べる処理が認められています。

支給された助成金は、法人税の課税対象にはなりますが、消費税の課税取引にはあたりません。したがって、助成金を受け取った際に行う会計処理において、消費税の課税区分は「不課税」となります。

例えば、助成率3分の2の助成金に対して、税込330万円の機械購入費を申請し、220万円の助成金が支給されたとします。この場合、220万円の全額が消費税の適用外となり、不課税取引として会計処理することになります。

助成金の支給額には消費税は課されませんが、助成金を使用する対象に消費税分にあたる金銭が含まれている場合、返還が必要になることがあります。

助成金の支給分については消費税の不課税取引となるため、そこに消費税は含まれていません。

しかし、先ほどの例はどうでしょうか。助成金の対象経費を税込み330万円で申請し、220万円の助成金が支給された場合、220万円のうち10％分の20万円は、明らかに消費税に該当する部分です。これでは国や地方公共団体などから、20万円分の消費税の還付を受けたことと同義になってしまいます。

このように、消費税分を含む助成金を受け取った場合は、先の事例ならば、消費税分にあたる20万円を返還する必要があるのです。

・返還するのは「控除対象仕入税額」に算入した額
さてここまで読むと、「最初から消費税を差し引いた分を、助成金として申請すればいいのでは？」と思ってしまいます。

それができれば一番よいのですが、できない事業者がいます。まずは、消費税の基本的な仕組みからおさらいしよう。

消費税は、課税事業者が売上価格に消費税を転嫁させ、最終的に消費者が税金を負担する「間接税」の仕組みを採っています。課税事業者は、基本的に顧客から受け取った消費税から、事業のために支払った消費税を控除した額を納税します。

例えば、次のような会社があったとします。

・課税売上高　税込2,200万円（うち消費税200万円）
・課税仕入れ　税込880万円（うち消費税80万円）

この会社の場合、売上と一緒に受け取った消費税200万円から、事業のために支払った消費税80万円を控除した、差額の120万円を納税します。この80万円のことを「仕入控除税額」といいます。

返還が必要となるのは、助成金に含まれる「仕入控除税額」です。しかし、課税事業者の中には、80万円全額を仕入控除税額にできない事業者が存在します。

仕入控除税額の計算方法が、その事業者の「課税売上割合」と「課税売上高」によって次のように変わるからです。

【仕入控除税額の計算方法】

課税売上割合と課税売上高	計算方法
課税売上割合95％以上 かつ 課税売上高5億円以下	・全額控除できる
課税売上割合95％未満 または 課税売上高5億円超	・全額控除できない ・個別対応方式か一括比例配分方式で計算する

「課税売上割合」とは、課税期間中の売上高のうち、課税売上が占める割合のことです。
課税売上が占める割合が高ければ、その事業が支出した経費は、おおむね課税売上を生みだすための支出であると考えられるため、経費にかかった消費税の全額を仕入控除税額とすることができます。

しかし、この割合が95％未満になると、支出した経費には非課税売上のために支出したものもそれなりに含まれているため、経費にかかった消費税すべてを仕入控除税額とすることは適切ではありません。

また、課税売上が5億円を超えるような大規模な売上がある場合は、たとえ99％が課税売上で非課税売上が1％だとしても、その非課税売上のために支払った消費税は決して安くありません。そのため、全額を仕入控除税額にすることはできないのです。

まとめると、以下のいずれかに該当する場合、支払った消費税の一部しか仕入控除税額に計上することができなくなります。

・課税売上割合95％未満
・課税売上高5億円超

仕入控除税額の計算方法は、個別対応方式と一括比例配分方式のどちらかを選択することになりますが、いずれも計算のために「課税売上割合」が必要です。

・課税売上割合は、事業年度の途中ではわからない
ここからが大事ですが、課税期間の途中で助成金の対象経費を支出して申請する場合、その時点では課税売上割合は確定していません。つまり、助成金の対象経費のうち、消費税分の返還の対象になる仕入控除税額が計算できないということです。

そのため、一旦消費税額も含めた金額で助成金を申請し、消費税の確定申告を行った後に、申告した仕入控除税額の中で助成金に相当する部分を国や地方公共団体に返還することになります。

ただ、助成金の中には、全額控除となることが明らかである場合は、あらかじめ消費税分を減額して申請することを公募要領などで規定しているものもあります。これができれば、消費税分を返還することはありません。

ただし返還額が0円であっても、報告だけは求められる場合もあるので、助成金の要領に記載されているルールなどで確認する必要があります。

助成金の消費税分の返還が必要になるのは、そもそも申請した助成金の対象となる経費が、課税取引である場合に限られます。

例えば、事務所の賃貸料や設備の導入費といった経費が消費税の課税取引となります。不課税取引となる給与や印紙代などから、消費税分の返還は生じません。また、返還の対象となるのは、一般課税による課税事業者です。免税事業者や簡易課税事業者は、返還の対象となりません。

・消費税分の返還の計算例
それでは、消費税分の返還額の計算方法を確認しましょう。

【例：株式会社A社の課税期間中の取引】
・課税売上高　1億円
・課税売上割合　70％（一括比例配分方式）
・支給された助成金　110万円
・税率10％（消費税7.8％＋地方消費税2.2％）の取引のみと仮定

＜計算式＞
・消費税
7万8,000円（110万円×7.8／110）・・・A
・地方消費税
2万2,000円（7万8,000円×2.2／7.8）・・・B
・助成金に含まれる仕入控除税額
（A＋B）×70％＝7万円

よって、A社が受給した助成金の消費税分の返還額は、7万円となります。

助成金の基本や消費税分の返還義務について説明しましたが、この記事のポイントは以下の通りです。

・助成金の会計処理は、収入計上することと他の経費と区分することに注意
・助成金には、法人税が課税されるが、消費税は不課税となる
・助成金に、消費税にあたる金銭が含まれていれば、仕入税額税額に相当する額を返還する

助成金を申請するときは、消費税分の返還手続きについて公募要領などで一度確認しましょう。もし返還額の計算方法に迷ったときは、返還先の機関や税理士に相談するとよいでしょう。